Stauballergien und Probleme mit den Atemwegen kommen häufig vor. Grundsätzlich gilt es, kein schimmliges, staubiges, schmutziges oder angefaultes Stroh einzustreuen. Denn so gelangen Staub und Schimmelpilzsporen in die Atemwege und fügen ihnen langristigen Schaden zu. In extremen Fällen verliert die Schleimhaut der Bronchien  ihre Schutzschicht. Husten und sogar Dämpfigkeit sind die Folge. Daher ist es das A und O der artgerechten Pferdehaltung immer sauberes und trockenes Stroh zur Verfügung zu stellen und für ein gutes Stallklima und frische Luft zu sorgen. Aber auch Heustaub sowie eine Heustaub-Pollenallergie können zu Problemen mit den Atemwegen führen. In diesem Fall ist es gesünder Allergiker mit Heulage zu füttern. Eine ganze Reihe von Futtermittelherstellern bieten hochwertige Heucobs an. Diese werden eingeweicht und ergänzend gefüttert. Auch Grascobs können eine sinnvolle Alternative sein. Bei einer Umstellung auf Späne sollte man auf Qualitätshersteller achten, deren Späne warmluftgetrocknet, gesiebt und entstaubt sind und wenig Harze enthalten. Entsprechend muss das Raufutterangebot erhöht werden, auch gegen die Langeweile in der Box.

Sind bereits Atemwegsprobleme vorhanden, können die Symptome auch mit Hilfe des Futters gemildert werden. Schwarzkümmelöl unterstützt die Atemwege sehr gut. Diverse Kräutermischungen im Grundfutter bieten auch reichlich Unterstützung. Darüber hinaus leisten spezielle Ergänzungsfutter gute Dienste zur Gesunderhaltung.